La Biblioteca de El Museo Canario está estructurada en cuatro secciones: Biblioteca Canaria, Biblioteca General, Biblioteca de Referencias Canarias y Biblioteca Maffiotte.

La Biblioteca Canaria es la colección más completa que existe sobre temas, autores e impresos canarios, respondiendo así a la misión asumida por la institución desde el momento de su fundación. Cronológicamente esta sección, integrada por unos 15.000 volúmenes, está constituida por títulos publicados entre el siglo XVI y el momento actual. El carácter preferente que presenta esta agrupación bibliográfica es el origen de que los procesos técnicos desarrollados estén centrados en ella, teniendo la selección, adquisición, catalogación y puesta en servicio un carácter prioritario.

La Biblioteca General –integrada por más de 40.000 volúmenes– está constituida por publicaciones en distintas lenguas y materias datadas entre los siglos XV y XXI, cuyo ingreso se ha producido, principalmente, vía donación e intercambio, habiéndose incorporado a ella los volúmenes de la antigua Biblioteca Municipal de Las Palmas de Gran Canaria y los que formaban parte de la colección bibliográfica de la Real Sociedad Económica de Amigos del País de Gran Canaria.

Al margen de estas dos colecciones centrales, en El Museo Canario se conservan publicaciones de referencias canarias que, aunque no son de carácter propiamente local, contienen información de interés sobre nuestras islas o la colaboración de algún autor canario.

Finalmente, El Museo cuenta, además, con la Biblioteca Maffiotte, colección de impresos en su mayoría canarios o relacionados con Canarias, reunida en Madrid por el bibliógrafo Luis Maffiotte La Roche.

En la actualidad el catálogo de la Biblioteca de El Museo Canario se encuentra integrado, mediante un convenio de cooperación, en la red de bibliotecas del Gobierno de Canarias, pudiendo accederse en línea a su consulta a través del sitio Web gestionado por dicha institución.