El Fondo de Arqueología está constituido por los restos materiales pertenecientes a la población prehistórica e histórica de Gran Canaria; en él se incluyen también ejemplares procedentes de otras islas del archipiélago canario.

El origen de este fondo se vincula a la fundación de El Museo Canario, en 1879, y continúa creciendo en la actualidad mediante los depósitos efectuados por particulares y por los órganos institucionales responsables de los permisos de excavaciones (Gobierno de Canarias y Cabildo de Gran Canaria).

Está compuesto por una innumerable cantidad de materiales, bien objetos completos o fragmentos, que hacen de este fondo el más extenso y completo de todo el archipiélago canario. Es por ello que se constituya en una referencia obligada para el estudio de la sociedad prehispánica Gran Canaria y en uno de los pilares básicos de esta institución.

Destacan en él las colecciones de recipientes cerámicos, ídolos, pintaderas,  manufacturas en fibras vegetales y en piel animal, industria lítica, ósea y de la madera, así como los restos antropológicos (Piezas destacadas).

Desde 2021, El Fondo de Arqueología de El Museo Canario es Museo Concertado con El Cabildo de Gran Canaria, en virtud del convenio de concertación firmado para tal fin entre ambas instituciones. La firma de este convenio de concertación supone «la consecución de un objetivo largamente anhelado por nuestra asociación», según palabras de Diego López, quien destacó que la nueva situación jurídica permitirá a El Museo Canario continuar con las labores de conservación, investigación y difusión que viene desarrollando desde 1879. En este tiempo la entidad ha logrado convertirse en una institución abierta al público, accesible, inclusiva, intercultural, sostenible y al servicio de la sociedad, organiza periódicamente exposiciones científicas y divulgativas, desarrolla una actividad didáctica adaptada a las nuevas realidades y garantiza el acceso a sus fondos del personal investigador y de la ciudadanía en general. A partir de la entrada en vigor del convenio, y en lo que se refiere al Fondo de Arqueología Canaria, estas labores se desarrollarán con el apoyo de un nuevo órgano de concertación, que tendrá carácter de auxiliar de su Junta de Gobierno, entre cuyos cometidos estará supervisar el cumplimiento del convenio y contribuir a la eficiente gestión del fondo. Este órgano, que celebrará al menos dos reuniones anuales, estará formado por cuatro representantes del cabildo (el presidente, el consejero responsable del área de Patrimonio Histórico y dos expertos) y por otros cuatro representantes de El Museo Canario (su presidente, su director y dos expertos). El presidente del Cabildo de Gran Canaria, Antonio Morales, destacó en el acto de presentación que la corporación insular aborda con este convenio «las necesidades fundamentales del patrimonio arqueológico para garantizar la estabilidad de una institución decisiva para la cultura canaria» y contribuirá así a que «los 140 años de vida de El Museo se proyecten en divulgación y comunicación hacia toda la sociedad».