Es el órgano permanente de gobierno y está compuesta por siete miembros: presidente, secretario, cuatro vocales y director.
Presidente
Convoca y preside las reuniones de la Junta general y de la Junta de gobierno y ostenta la representación institucional de la Sociedad Científica.
Composición de la Junta de gobierno
| D. Diego López Díaz (dlopez@elmuseocanario.com) | Presidente |
| Dª María Angeles Pérez Reyes | Secretaria |
| D. Francisco Quintana Navarro | Vocal |
| D Manuel Bartolomé Hernández Apolinario | Vocal |
| Dª Sonia Granado Suárez | Vocal |
| Dª Dulce María Sánchez Rodríguez | Vocal |
| D. Daniel Pérez Estévez | Director |