Ciencias naturales
El Museo Canario cuenta, desde su fundación, con un importante fondo de Ciencias Naturales que en la actualidad se encuentra depositado en los almacenes de la institución. Muchas de estas colecciones están formadas por objetos museográficos antiguos, dada la escasa o nula actualización de materiales que se ha producido a lo largo de su historia. Este fondo está dividido en cinco colecciones:
Colección de Vertebrados
Está constituida por menos de mil ejemplares de aves, peces, mamíferos, reptiles y anfibios que se almacenan en su mayoría naturalizados, o bien sumergidos en líquido conservante –alcohol o formol–. La mayor parte de la colección la integran especímenes completos, y en menor medida se guardan partes o fragmentos de individuos. Cuenta también con una pequeña muestra de material osteológico formada por esqueletos de aves desarticulados y montados y cráneos de mamíferos.
En la colección se conservan representaciones de la fauna propia del archipiélago canario y ejemplares procedentes de distintas partes del mundo, que no llegan a formar un grupo homogéneo.
En general, esta colección está compuesta por ejemplares museísticos antiguos, provenientes muchos de ellos de donaciones privadas e intercambios. Otros fueron preparados en el Museo por los taxidermistas Gabriel Garachico y Gustav Kircher.
Colecciones Entomológicas
Están formadas por diversos grupos de artrópodos, entre los que destaca el correspondiente a los insectos, integrado por ejemplares que en su gran mayoría, se agrupan en alguno de los siguientes órdenes: Coleópteros, Lepidópteros, Dípteros y Ortópteros. Desde el punto de vista geográfico se trata de representaciones de la fauna entomológica del archipiélago canario, especialmente recogidas en distintas zonas de Gran Canaria, que se completan con ejemplares procedentes de la costa africana más cercana.
Las colecciones se conservan en su totalidad en seco, montadas con alfileres y en cajas de madera preparadas para tal fin. En la actualidad se trata del material peor conservado de cuantos conforman este fondo.
Colección de Malacología
Es una de las más importantes, no sólo a nivel numérico sino por su contenido. Está formada por unas 8.000 conchas de moluscos que se agrupan en dos secciones, la que corresponde a la malacología general y la del archipiélago canario. Es una de las pocas colecciones que cuenta junto a los objetos museísticos antiguos, reunidos en su mayoría a través de donaciones privadas, con material reciente, que procede casi en su totalidad del depósito que en 1995 hizo el Cabildo de Gran Canaria de la colección de material malacológico de D. Manuel Bermejo Pérez, formada por más de 4.000 especímenes.
Colección de Rocas y Minerales
El grupo de materiales originales, constituido por rocas y minerales de Canarias, se fue incrementando a lo largo de los años gracias a varios proyectos e iniciativas de la institución, como fue el encargo realizado, en la década de los 50, al geólogo finlandés Hans Hausen para la elaboración de los mapas geológicos de las islas orientales del archipiélago canario, que generó la recogida y preparación de buena parte de la colección de rocas y minerales que, de estas islas, se conservan en El Museo Canario.
La colección extranjera está formada por varias donaciones. Destaca la colección de rocas de Uruguay obsequiadas por el Museo Geológico de Montevideo a El Museo Canario.
Colección Paleontológica
Está compuesta por un conjunto de materiales antiguos, de la época de la fundación del Museo, que fueron recogidos en el nivel fosilífero correspondiente a la formación detrítica de Las Palmas, datada en el Mioceno, y conocida tradicionalmente como Terraza de Las Palmas. Se completa con los fósiles recogidos en los años 70 en Lanzarote y Fuerteventura durante la elaboración de varios trabajos de investigación. Esta colección se ha incrementado con pequeñas aportaciones recientes de materiales. Se conserva también una colección de fósiles extranjeros reunidos a fines de estudio comparativo.